За 10 лет научной работы коллективом ИЭП МГУ издано 8 монографий, выпущены материалы трудов трех проведенных международных конференций, 6 сборников трудов института. Сотрудниками опубликовано более 300 научных статей и докладов, защищены 4 кандидатские и 3 докторские диссертации.

Получены следующие премии и награды: премия им. М.В. Ломоносова (1998, 2004, Г.В. Добровольский), премия им. И.И. Шувалова (1998, Г.С. Куст), медаль им. В.Р. Вильямса (1999, Г.В. Добровольский), Государственная премия (2002, Г.В. Добровольский – руководитель коллектива), Медаль Российской Академии наук для молодых ученых (2002, Н.О. Ковалева).

Несмотря на свою молодость, ИЭП МГУ стал признанным организатором совещаний и конференций, проводимых по научной проблематике института. В 1997 г. Институтом было проведено совещание «Анализ многолетних рядов наблюдений в заповедниках и национальных парках», организованное в рамках Проекта Глобального экологического фонда «Сохранение биоразнообразия». В 1999 г. Институт был инициатором и головной организацией крупной международной конференции по опустыниванию и деградации почв, поддержанной ЮНЕП, РАН, РАСХН. В 2000 г. по инициативе Института было проведено совещание «Железо в почвах» на базе Ярославского технического университета. Организация совещания также была поддержана РАН, РФФИ, МГУ. Институт участвовал в подготовке и проведении съездов Докучаевского общества почвоведов в 2000 и 2004 гг. В 2001 г. по инициативе ИЭП МГУ , факультета почвоведения МГУ и института географии РАН был проведен Международный симпозиум «Функции почв в биосферно-геосферных системах» привлекший внимание Российской и зарубежной научной общественности.

В ИЭП МГУ работает 15 штатных сотрудников, в том числе: 1 академик РАН, 1 член-корреспондент РАН, 3 доктора биологических наук, 9 кандидатов наук. Ежегодно на договорной основе к работе по проектам Института дополнительно привлекается до 100 и более сотрудников МГУ и РАН. ИЭП МГУ имеет тесные научные контакты с факультетом почвоведения, биологическим, географическим и геологическим факультетами МГУ, ИФХиБП РАН (Пущинский научный центр), ИПЭЭ им. А.Н. Северцова РАН, ИГРАН, Центром по проблемам экологии и продуктивности лесов РАН, Почвенным институтом им. В.В. Докучаева РАСХН, Всероссийским институтом агролесомелиорации РАСХН и другими научными учреждениями страны.