Несмотря на то, что научные исследования являются для ИЭП МГУ основным видом деятельности, институтом реализован также ряд инициатив в образовательной сфере. Так, в течение уже 18 лет в ИЭП МГУ осуществляется детский телекоммуникационный образовательный проект «Экологическое Cодружество», охватывающий более 250 эколого-образовательных организаций в России и СНГ.

Институтом была выдвинута и начала осуществляться инициатива по организации дистанционного обучения студентов и аспирантов как дополнительной формы к основным курсам, читаемым на факультете почвоведения, а также впервые в МГУ была выдвинута и реализована инициатива по организации обучения ландшафтному проектированию и дизайну.

В 2000 году институт впервые в МГУ разработал и осуществил программу дополнительного образования и повышения квалификации в области почвоведения и агрохимии для специалистов в области благоустройства, озеленения и ландшафтного дизайна. В дальнейшем организация обучения по этой программе была передана факультету почвоведения МГУ.

В настоящее время институт разрабатывает планы совместно с научно-образовательным центром «Ипсилон» по проведению совместных семинаров для профессионалов в области строительства, агрохимии, благоустройства и ландшафтного планирования.